反思我国现行有关注册上海公司的立法与实践，我们以为至少存在以下几个弊端：
其一，中央注册上海公司机关具体管乡辖公司登事务，不仅偏离了中央注册上海公司机关的职能定位，容易使其陷入具体的注册上海公司事务而疏废了其应有职责（中央登记机关要应负责进行业务培训、业务指导、政策协调、省级企业登中心关系协调以及根据委托进行有关规范性文件的起草，不责具体企业登记事务），丕有可能由于利益关系，妨碍其科学决策和公正、有效监督。
其二，多层级的地方登记管辖，由于利益关系，很容易形成以行政区划为基础的注册上海公司地方保护，使注册上海公司沦为地方利益保护的工具与手段。
其三，执行属人标准，区分国家投资与地方投资、内资与外资、有投资与民有投资，因人而异地确定登记管辖，对申请人有公平，违反了法律的平等原则。不仅如此，其中区分外商投资企业与内资企业己管辖，还有违WTO所要求的国民待遇原则。
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